Qui doit payer une enquête interne : l'employeur, le CSE, l'assurance ou le salarié ?

Mis à jour le 9 novembre 2026

Référents : Pascal-André Gérinier (Avocat - Fondateur), William Mak (Avocat - Fondateur)

L'employeur supporte le coût de l'enquête qu'il décide, au titre de son obligation de sécurité. Lorsque le CSE désigne un expert habilité pour un risque grave, identifié et actuel, ses honoraires sont intégralement à la charge de l'employeur (articles L. 2315-94 et L. 2315-80 du code du travail), qui ne peut que contester devant le juge dans les dix jours. Le salarié ne paie jamais l'enquête de l'employeur : lui en faire supporter le coût serait une sanction pécuniaire interdite (article L. 1331-2). Il peut financer son propre conseil, parfois grâce à une assurance de protection juridique.

À retenir

• L'enquête que l'employeur décide est une charge de l'entreprise, jamais du salarié, même fautif.
• L'expertise du CSE pour risque grave est payée à 100 % par l'employeur ; la plupart des autres expertises ponctuelles le sont à 80 %, le CSE finançant 20 % sur son budget de fonctionnement, sauf celles que la loi met entièrement à la charge de l'employeur.
• L'employeur dispose de dix jours pour contester l'expertise ; la saisine du juge la suspend, sauf lorsqu'elle ne porte que sur le coût final.

Qui commande, qui paie : le tableau

• La protection juridique couvre surtout la défense une fois le litige né ; une assurance des dirigeants peut couvrir des frais d'enquête.
• Une partie des frais se récupère devant le juge au titre de l'article 700 du code de procédure civile, rarement la totalité.

Le coût d'une enquête peut peser sur la décision de la lancer, surtout lorsque plusieurs personnes doivent être entendues ou que des investigations techniques sont nécessaires. Mais attendre pour des raisons budgétaires peut aussi compliquer la protection des salariés et la conservation des preuves. Trois financeurs peuvent intervenir : l'employeur, le CSE et l'assureur, selon la démarche engagée et les garanties du contrat. Le principe est simple : chacun supporte le coût de ses propres obligations. L'employeur prend en charge les investigations qu'il commande et ne peut transférer au salarié le coût de ses propres obligations.

L'enquête décidée par l'employeur : une charge de l'entreprise

Lorsqu'il ouvre une enquête, l'employeur exécute son obligation de sécurité (article L. 4121-1 du code du travail) : prévenir les risques, y compris psychosociaux, et faire cesser ce qui a été signalé. Le coût en est une charge de l'entreprise, comme les autres frais de conseil. Ce qui le fait varier :

• le nombre de personnes à entendre et le nombre d'enquêteurs par audition ;
• les langues et les pays concernés, avec ou sans interprète ;
• l'analyse de messageries ou de serveurs, qui suppose une copie figée des données et parfois un prestataire informatique ;
• les constats de commissaire de justice et les mesures judiciaires ;
• la rédaction d'un rapport produisible en justice, avec ses versions anonymisées.

MOSAIK établit un devis sur ces critères avant d'ouvrir l'enquête, et le révise si le périmètre change.

Le salarié ne finance pas l'enquête commandée par son employeur. Lui retenir sur son salaire tout ou partie des frais reviendrait à lui infliger une sanction pécuniaire, interdite par l'article L. 1331-2 du code du travail. Cette interdiction demeure même si l'enquête établit une faute, y compris grave. La responsabilité pécuniaire du salarié envers son employeur suppose, selon une jurisprudence constante, une faute lourde, caractérisée par l'intention de nuire. L'employeur qui estime avoir subi un préjudice peut alors demander réparation au juge, mais ne peut pas se rembourser directement sur la rémunération. Il faut donc distinguer les frais d'investigation d'une éventuelle demande judiciaire d'indemnisation.

L'expertise du CSE pour risque grave : 100 % à la charge de l'employeur

Le comité social et économique peut faire appel à un expert habilité lorsqu'un risque grave, identifié et actuel, révélé ou non par un accident du travail ou une maladie professionnelle, est constaté dans l'établissement (article L. 2315-94). C'est l'ancien « expert agréé » : le code dit « habilité » depuis les ordonnances de 2017, mais le terme ancien reste employé dans les entreprises. Les frais de cette expertise sont pris en charge par l'employeur en totalité (article L. 2315-80). La plupart des autres expertises ponctuelles sont financées à 80 % par l'employeur et à 20 % par le CSE sur son budget de fonctionnement, et à 100 % par l'employeur si ce budget ne suffit pas et n'a pas été transféré aux activités sociales et culturelles au cours des trois années précédentes ; certaines restent entièrement à la charge de l'employeur, comme celles qui portent sur la politique sociale ou sur un projet de licenciement économique collectif. À ne pas confondre avec l'enquête que l'employeur mène avec un élu après une alerte pour atteinte aux droits des personnes (article L. 2312-59) : celle-ci n'ouvre pas, à elle seule, droit à une expertise financée par l'employeur.

Vérifiez d'abord si le risque grave est identifié et actuel : un malaise diffus ne suffit pas. Des arrêts de travail, des alertes ou l'avis du médecin du travail peuvent l'étayer. Le choix de l'expert, le coût, l'étendue ou la durée peuvent aussi être contestés. Selon l'article R. 2315-49 du code du travail, vous avez dix jours pour saisir le juge, à compter de la délibération, de la désignation ou de la notification concernée. Les membres du CSE notifient, au besoin, un cahier des charges à l'employeur ; l'expert lui notifie le coût prévisionnel, l'étendue et la durée de l'expertise (article L. 2315-81-1). Le juge statue sous dix jours sur les contestations initiales ; la saisine suspend l'expertise, sauf lorsqu'elle ne porte que sur le coût final (article L. 2315-86). L'expertise traite des conditions de travail, sans remplacer l'enquête sur les faits individuels. Coordonnez les calendriers pour éviter des auditions répétées.

Le CSE peut-il payer son propre avocat ?

Oui. Le CSE dispose d'un budget de fonctionnement versé par l'employeur, égal à 0,20 % de la masse salariale brute dans les entreprises de cinquante à moins de deux mille salariés et à 0,22 % au-delà (article L. 2315-61). Il peut y consacrer les honoraires d'un avocat qui l'assiste dans l'enquête conjointe de l'article L. 2312-59, relit un rapport ou l'accompagne dans la contestation d'une mesure ; MOSAIK conseille les comités dans ce cadre, après vérification qu'il n'intervient pas déjà pour l'employeur dans la même affaire. Il peut aussi financer sur ce budget les expertises dites libres, pour la préparation de ses travaux (article L. 2315-81), qui ne relèvent d'aucun cas de recours légal et ne s'imposent pas à l'employeur. Ces dépenses sont décidées par délibération et retracées dans ses comptes.

L'enquêteur privé : ce qu'il peut faire et qui le paie

L'agent de recherches privées relève du livre VI du code de la sécurité intérieure et exerce avec une carte professionnelle délivrée par le CNAPS, au sein d'une agence autorisée (article L. 622-19 du code de la sécurité intérieure). Il est payé par celui qui le mandate, généralement l'employeur. Les filatures et surveillances peuvent porter atteinte à la vie privée. Une preuve obtenue de manière illicite ou déloyale ne peut être admise que si elle est indispensable au droit à la preuve et si l'atteinte aux autres droits est strictement proportionnée (Ass. plén. 22 décembre 2023, n° 20-20.648). Cet enquêteur ne bénéficie pas du secret professionnel de l'avocat et ne représente pas son mandant devant le juge. Un rapport écarté des débats est une dépense perdue. Son intervention peut compléter une enquête cadrée, non la remplacer.

L'assurance : protection juridique et responsabilité des dirigeants

Les contrats de protection juridique de l'entreprise couvrent le plus souvent les frais de défense une fois le litige né, et non l'enquête préventive qui le précède. Les polices de responsabilité des dirigeants peuvent, selon leur rédaction, prendre en charge des frais d'enquête lorsqu'un dirigeant est personnellement mis en cause. En protection juridique, l'assuré choisit librement son avocat (article L. 127-3 du code des assurances), mais les barèmes de prise en charge sont plafonnés ; pour une police de responsabilité des dirigeants, le libre choix dépend de la clause. Avant de s'engager :

• lire les définitions de « sinistre », « frais d'enquête » et « frais de défense » dans la police ;
• déclarer dès le signalement, une déclaration tardive exposant à la déchéance de garantie ;
• faire valoir par écrit le libre choix de l'avocat ;
• prévoir le reste à charge.

Le salarié qui souhaite un conseil distinct peut vérifier sa protection juridique. Elle figure parfois dans une assurance habitation ou dans les garanties associées à une carte bancaire. Il faut contrôler sa couverture, ses exclusions et les modalités de déclaration. Si la garantie intervient, le salarié conserve le libre choix de son avocat conformément à l'article L. 127-3 du code des assurances. Il peut aussi solliciter l'assistance d'un syndicat. Devant le conseil de prud'hommes, un défenseur syndical peut l'assister gratuitement. Sous conditions de ressources, et à défaut de protection juridique couvrant les frais, l'aide juridictionnelle prévue par la loi du 10 juillet 1991 peut contribuer à financer sa défense. L'enquête décidée par l'employeur ne lui est pas facturée.

Récupérer une partie des frais après un contentieux

Si l'affaire se termine devant le juge, la partie qui perd peut être condamnée à payer à l'autre une somme au titre des frais exposés et non compris dans les dépens (article 700 du code de procédure civile). Le juge la fixe librement, en tenant compte de l'équité ou de la situation économique de la partie condamnée, et peut même d'office dire qu'il n'y a pas lieu à condamnation ; elle couvre rarement l'intégralité des honoraires. Les frais d'enquête eux-mêmes ne sont pas des dépens. Une indemnisation complète suppose de démontrer une faute et un préjudice distincts, ce qui reste exceptionnel entre un employeur et un salarié.

Ce qui change selon les faits

La taille de l'entreprise modifie les options. Sous cinquante salariés, le CSE ne dispose pas du budget légal de fonctionnement ni du recours à l'expertise pour risque grave. Aucun canal interne d'alerte n'est imposé au seul titre de ce seuil. Lorsqu'un CSE existe, son implication et ses décisions influencent le financement. En présence de faits pénaux, une enquête des autorités peut être ouverte sans frais d'investigation facturés à l'employeur, mais elle suit son propre calendrier. À l'international, les traductions et les règles locales peuvent alourdir les opérations. Pour le salarié, protection juridique, soutien syndical et aide juridictionnelle élargissent les possibilités de financement. Enfin, les actions qui précèdent ou suivent l'enquête, cartographie des risques, canal de signalement, formation des managers, médiation, font l'objet de devis distincts de celui de l'enquête : l'entreprise ne s'engage que sur ce dont elle a besoin.

Le guide Quels risques RH imposent d'ouvrir une enquête interne ? aide à décider d'ouvrir l'enquête ; le guide Pourquoi confier l'enquête interne à un avocat ? compare les intervenants et leur coût réel ; la page Droit du travail présente la pratique sociale du cabinet, et la page Enquêtes internes l'ensemble de la démarche.